La CSE cuenta con el respaldo técnico de una Unidad Académica de integración multidisciplinar cuyas principales funciones son: acompañar el monitoreo de los proyectos financiados, preparar evaluaciones, brindar asesoramientos pedagógicos que orienten el proceso de elaboración de las políticas universitarias e investigar temas educativos relacionados con los proyectos gestionados por esta Comisión y demandas derivadas de los procesos de mejora de la calidad de la enseñanza y los aprendizajes universitarios.
De acuerdo a las pautas de desarrollo académico aprobadas por el organismo en sesión del 25/05/2010, Res. Nº 9, las actividades de la Unidad Académica del organismo se organizan en áreas y líneas de trabajo: 1) líneas de estudio e investigación, 2) líneas de asesoramiento permanente a comisiones, seguimiento y evaluación de proyectos y programas, 3) líneas de formación docente, 4) líneas de publicaciones y difusión.