Estela Castillo es licenciada en Ciencias Biológicas de la Facultad Ciencias de la Udelar. Obtuvo además la Maestría en Ciencias Biológicas del Programa de Desarrollo de Ciencias Básicas (PEDECIBA) y completó su formación de posgrado en la Universidad de Barcelona, España, donde obtuvo el Doctorado en 1997.
Actualmente, ocupa un cargo efectivo de profesora agregada de la Unidad de Biología Parasitaria de la Facultad de Ciencias en el Instituto de Higiene. Integra el Sistema Nacional de Investigadores en nivel I desde 2009 y es investigadora grado 5 del PEDECIBA.